集团认证-中国药科大学创建冠状病毒资源数据库平台

集团认证-中国药科大学创建冠状病毒资源数据库平台

疫情面前,科研不止。为了早日战胜新冠病毒,国内外各领域专家学者都在争分夺秒地研究冠状病毒相关专业知识,为抗击疫情贡献力量。然而,不可否认的是,当下网络平台上关于冠状病毒繁多冗杂的页面信息可能会降低科研工作者查找新冠病毒专业信息和相关研究文献的效率。

3月26日,中国药科大学基础医学与临床药学学院2018级药理学专业博士生孙庆荣带领其团队“CPU-病毒组”成功开发了一个冠状病毒资源数据库Coronavirus Resource Bank(简称“CRB”)。这是一个专为冠状病毒科研工作者开发的资源数据库平台。正如网站首页介绍的那样,该数据库平台全面整合了目前国内外所有冠状病毒的相关文献资料、病毒相关数据以及病毒研究相关分析工具,旨在使广大学者可以便捷迅速地查找冠状病毒(包括新冠病毒)的相关研究文献,准确掌握并深入了解冠状病毒的起源、研究历史、研究进程、研究热点等,从而推动各领域科研工作者对冠状病毒进行全方位、多角度的深层次研究和探讨,促进药学、化学、生物学等多学科的交叉融合,助力国内外科研工作者早日攻破新冠病毒,造福于全人类健康。

时间为轴,贯穿中外

追溯冠状病毒相关文献横跨50余年

据了解,冠状病毒资源数据库(CRB)尽管从建立到完善仅仅才32天,但数据库中整合的文献资源数却不容小觑。截至3月22日,数据库里共收集了9556篇英文研究文献、3052篇中文研究文献、25个英文数据资源平台、6个中文数据资源平台以及18个与病毒学相关的主要分析工具等等。

海量的冠状病毒数据信息不仅全面详实,而且不会带来分类整理的难题。为了让国内外科研工作者在浩如烟海的数据库中不至于晕头转向,孙庆荣团队特意将数据库页面以中文和英文分别展示,清晰划分为两大板块,即“国内冠状病毒研究”和“国际冠状病毒研究”。在这两大板块下又设有多个子栏目,这些子栏目分别涵盖了冠状病毒发现至今的所有相关研究报告和综述性论文、冠状病毒所有数据资源系统(平台)、与病毒学相关的分析工具以及冠状病毒相关专利信息等。

值得一提的是,数据库中的研究报告和综述性论文均以时间轴为核心编排展开,从最早的1965年起开始追踪,直到2020年,时间跨度长达55年,从而最大限度地方便科研工作者基于时间顺序查阅相关文献资料,快速了解冠状病毒在每个年份的研究现状和进程,以此追根溯源,深入探究。

一个资源数据库的建立并不是资料盲目整合的过程,开发者需要对资料进行筛选,冠状病毒资源数据库(CRB)也不例外。据了解,面对从20世纪60年代至今的海量文献研究资料,孙庆荣团队并不是简单地进行全盘收纳整合,而是有的放矢,剔除了一些评论性以及策略性文章,只保留了学术研究、学术综述、病例解析、数据平台、分析工具等相关内容,这样能够更好地集中有效学术资源,既精准覆盖又全面科学,真正为冠状病毒科研工作服务。

不负师恩,迎难而上

“你时刻在脑子中惦记着科研,它才会时常给你惊喜”

为什么要开发创建冠状病毒资源数据库(CRB)?当谈及数据库的开发初衷时,孙庆荣坦言,这一开发灵感主要来源于自己的导师。

据了解,孙庆荣是中国药科大学药理学专业博士生,师从德国科学院院士、中国药科大学校长来茂德。孙庆荣期间外派至浙江大学基础医学院生理病理中心进行结直肠癌转移过程中基因突变的研究,主攻方向为肿瘤生物信息学大数据。

由于是跨领域研究,孙庆荣在研究过程中发现自己对病毒的前期研究和分析策略不能做到像在研究肿瘤方面那么娴熟。于是,在导师来茂德的鼓励下,他便萌生了开发创建一个整合冠状病毒资源和相关研究数据库的想法,方便病毒学专业以外的科研人员从事相关研究。

于是,在疫情形势严峻、各自居家隔离的情况下,孙庆荣与来自中国药科大学药学、临床药学、中药学、生物制药等多个专业的11位志同道合的本科生迅速组建了“CPU-病毒组”团队,大家一起查阅文献、整理资料、搭建网站,开始了冠状病毒资源数据库的组建工作……

孙庆荣说,冠状病毒资源数据库(CRB)的建立是一个并不轻松的过程,在数据库服务器基础环境的构建、数据整合、信息展示等环节都曾遇到过各种各样的困难。

“数据库服务器基础环境建设需要相关专业人员才能实现,数据的整合需要人工检索、筛选,工作量巨大。还有一些图书馆资源的问题,也需要专业人士的帮助。除此之外,疫情期间均需要各自居家工作,由于团队成员家庭网络的差异,大家的网络最优时段也不同,协调统一会有点难度。”

面对诸多的“拦路虎”,孙庆荣并没有退缩。他通过对数据板块合理的规划,高效引领着团队进行数据收集和整合。对于国内资源,由于数量相对较少,他们采用人工检索为主的方式对中国知网和万方数据库进行逐一排查;对于国外资源,他们采用API和人工检索相结合的方法,实现数据的整合及入库。为了让大家更方便快捷地看到信息,他们解析了其他数据平台的数据传递接口,以建立平台直达原始数据库的快捷通道。团队不少小伙伴克服了种种现实困难,实现了异地协调统一,高效率地完成了每天的工作任务。

此外,孙庆荣特别感谢导师来茂德与该校图书与信息中心老师们的悉心指导和大力支持。“团队的建立、基础环境构建、数据库的测试,若是没有老师们的帮助,我们根本完成不了的。”(贾孟杰 姜晨 姜佳彤 中国药科大学供图)

责编:叶壮